由于部分是露天使用，多雨季節不可避免會有雨水進入到冷卻塔的噴淋循環水當中去。雨水混有中硫、碳等，落入閉式冷卻塔會造成水質酸化。

酸化的冷卻循環水在閉式冷卻塔中循環，其腐蝕速度是正常使用壽命的5倍之多。如果碰到雨水較多的情況，建議更換下噴淋水，防止盤管被雨水腐蝕。如果雨水混入閉式冷卻塔比較少時，可采用加藥的方式進行水質處理，中和水質。